La Bahía de Banderas es hogar de una gran colonia permanente de delfines con nariz en forma de botella, así como de poblaciones flotantes de ballenas piloto y grises, que llegan con sus crías a las aguas protegidas. En la bahía también habitan mantarrayas gigantes, en tanto que las tortugas marinas desovan en varias playas del área durante los meses del verano. A través del desarrollo pueden organizarse excursiones para observar la fauna silvestre.